Nietypowe objawy refluksu:

a) laryngologiczne:
- chrypka - szczególnie poranna (spowodowana drażnieniem strun głosowych przez zarzucaną treść żołądkową),
- uczucie dławienia,
- bóle gardła, zapalenie gardła i krtani,
- zaburzenia wydzielania śliny,
- nieprzyjemny zapach z ust - bardzo czuły objaw po wykluczeniu spraw stomatologicznych.

b) płucne:
- duszność,
- suchy kaszel lub świszczący oddech - objawy jak w astmie,
- bezdech podczas snu.

c) żołądkowe:
- wymioty,
- nudności,
- uczucie pełności
- wzdęcia.

d) sercowe:
- ból w klatce piersiowej - najczęstsza (50%) przyczyna niesercowego bólu zamostkowego,
- bóle pleców.